第1話 ピカチュウ誕生！
カントー地方にあるどこかの森に、ひとりぼっちのピチューがいた。まだ幼いそのピチューは、ある出会いと別れを経験する。サトシと相棒のピカチュウが旅に出る、その少し前。アニメ「ポケットモンスター」すべてのはじまりの物語。
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第2話 サトシとゴウ、ルギアでゴー！
オーキド博士とともに、カントー地方のクチバシティに新しくオープンしたサクラギ研究所に向かうサトシとピカチュウ。その研究所で、クチバの港に伝説のポケモンが現れるとの情報を耳にする。バトルをするため、港へ走るサトシたち。同じ頃、クチバシティ出身の少年・ゴウも伝説のポケモンの正体を確信し、港へ向かっていた…！
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第3話 フシギソウってフシギだね？
カントー地方のクチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェロー(特別研究員)となったサトシとゴウ。最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウについて調査すること。早速、街に出てみると、フシギソウたちはとある場所に向かっていた。サトシとゴウがフシギダネ、フシギソウ、フシギバナの秘密に迫る！！
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第4話 行くぜガラル地方！ヒバニーとの出会い！！
ガラル地方でポケモンが巨大化する現象があると聞いたサトシとゴウ。この不思議な現象を調査するため、二人はすぐさま、ガラル地方へ出発した。たどり着いたガラル地方・シュートシティの美しい街並みと名物のスコーンに夢中になる二人だったが、街でいたずらをする見慣れないポケモンたちと出会って…！？
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第5話 カビゴン巨大化！？ダイマックスの謎！！
ポケモンの巨大化現象を調査するため、ガラル地方へと来ているサトシとゴウ。のどかな草原が続くワイルドエリアで、ひときわ大きなカビゴンと出会う。一方、シュートシティで出会ったポケモン・ヒバニーも、ゴウを追ってワイルドエリアへやって来ていた…。
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第6話 ポケモン大量ゲットだぜ！ミュウへの道！！
初めてのポケモン、ヒバニーをゲットしたゴウ。ポケモンゲットに目覚めたゴウは、さらなるゲットを目指し、サトシたちとクチバの森に向かう。はじめは苦戦したものの、キャタピーのゲットを皮切りに、次々とクチバの森のむしポケモンをゲットしていくゴウ。カントー地方のむしポケモンを全種類ゲット出来るのか！？
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第7話 激闘のホウエン地方！挑戦バトルフロンティア！！
ホウエン地方で行われるバトル大会『バトルフロンティア・ビードロカップ』にエントリーしたサトシとゴウ。ポケモンバトル初挑戦のゴウの対戦相手はフエンタウンのホウジ。グラエナを繰り出してきたホウジに対し、ゴウは、タイプの相性が良いストライクで勝負を挑む！一方、連戦連勝の快進撃を見せるサトシ！大一番で繰り出したのは、まさかのあのポケモン！？
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第8話 負けるなポッチャマ！シンオウ地方の流氷レース！！
クチバシティの港で、げっそりとやつれたポッチャマに出会ったサトシとゴウ。研究所に連れ帰ると、ポッチャマのトレーナーのミサキから、行方を探しているという連絡を受ける。なんとポッチャマはシンオウ地方から泳いできたのだと言う。ポッチャマをミサキの元に返すため、サトシとゴウは、シンオウ地方へ向かう！
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第9話 あの日の誓い！ジョウト地方のホウオウ伝説！！
ジョウト地方のエンジュシティで伝説のポケモン・ホウオウの目撃情報が報告された。サトシとゴウがエンジュシティへ向かうと、早速ホウオウらしきポケモンを発見！しかし、それは少年クリオが仕立てた偽物のホウオウだった。クリオは祖父のジエイにどうしてもホウオウ見せてあげたいのだと言う。果たして本物のホウオウは現れるのか…！？
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第10話 カイリューの楽園、ハクリューの試練！
サクラギ博士から「カイリューたちが暮らす島があるらしい」という噂を聞いたサトシとゴウは、その島を探しに出かけることに。道中でゴウが捕まえたジュゴンに乗り、海に出たものの、突然の嵐に遭い、波にさらわれてしまった二人を救う影。とある島の海岸で目を覚ましたサトシたちの前に現れたのは、たくさんのカイリューたちだった！
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第11話 コハルとワンパチと、時々、ゲンガー
サクラギ博士を父に持ちながら、ポケモンに対してクールなコハル。家にいるワンパチはコハルによくなついているものの、「ポケモン博士の娘だから、ポケモン好きで当然だろう」と決めつける周りの声が気になっていた。そんな中、サクラギ研究所に、みんなを困らせる謎のゲンガーが現れて…。
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第12話 ダイマックスバトル！ 最強王者ダンデ！！
サクラギ博士から、世界最強のポケモントレーナーを決める大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス』決勝戦のチケットをもらったサトシとゴウ。この一戦を見届けるため、スタジアムのあるガラル地方に向かった！注目の決勝戦のカードはカントー地方の四天王杯を制したワタルと、ガラル地方で無敗記録を伸ばし続けるスーパースター・ダンデ。無敗の男・ダンデの実力とは！？
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第13話 サトシ対ダンデ！最強への道！！
世界最強のトレーナーを決める大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス』を観戦するためにガラル地方に来ているサトシとゴウ。ワタルとダンデによる決勝戦の興奮が冷めやらないスタジアムで、突如、カジリガメがダイマックスしてしまった！巨大なカジリガメに立ち向かうサトシとゴウ。そんな時、サトシのピカチュウを赤い光が包み込み…！？
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第14話 初イッシュ地方！遺跡でレイドバトル！！
イッシュ地方リゾートデザートで発見された「巨神の遺跡」。その謎を解き明かすため、サトシとゴウは調査に乗り出した！砂漠を越え、なんとかたどり着いた遺跡。その中で待ち受けていたのはトラップの数々！これは「巨神に近づくな」というメッセージなのか！？果たして2人は、無事に遺跡の謎を解き明かすことが出来るのか！？
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第15話 雪の日、カラカラのホネはどこ？
サクラギ研究所のシステムトラブルで、久々に両親と祖母の待つ家に帰ることになったゴウ。久々に再会出来ると喜んだのもつかの間、両親は急な仕事で帰りが遅くなってしまうという。いつものことだからと諦め顔のゴウだが・・・。そして、家の近所の公園でマンキーに襲われているカラカラを見かけ、ヒバニーといっしょに助けに入ったものの、カラカラが大切にしているホネを持っていかれてしまった。ゴウとポケモンたちは協力してホネを探してあげることに！
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第16話 呪われたサトシ…！
最近、サクラギ研究所では物が壊れたり、部屋が荒らされたりと不思議な現象が起こっていた。その犯人は、なんと以前研究所に現れたゲンガー。サトシとゴウは今度こそとゲットに燃えていた。そんな中、階段から落ちそうになったり、間違えて花瓶の水を飲みそうになったり、サトシの様子が突然おかしくなってしまった！もしかして・・・ゲンガーの呪い、なのか・・・！？
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第17話 ヒバニー、炎のキック！明日に向かって！！
サクラギパークでバトルの練習をしているサトシとゴウ。そこへヒヒダルマがやってきて、ヒバニーに、ほのおタイプのわざを出してみろと挑発する。ヒバニーは『ひのこ』をくり出すが、うまくできず、ヒヒダルマに馬鹿にされてしまう。悔しくて何度も練習するヒバニー。一方『ひのこ』が出せなくても今できるわざでバトルすればいいと考えるゴウ。二人の想いはすれ違い、いつしかケンカになってしまう。
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第18話 サトシ参戦！ポケモンワールドチャンピオンシップス！！
ダンデとのバトルを目指して『ポケモンワールドチャンピオンシップス』への挑戦を決めたサトシ。記念すべき初戦の相手はクチバジムのジムリーダー・マチスから留守を預かる、でんきタイプの使い手ジムリーダー代理のビスケス。2対2のポケモンバトル。まずはビスケスのライチュウVSサトシのピカチュウ。果たして勝負の行方は！？
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第19話 ワタシはメタモン！
女優・ムサシを売り込むため、映画の撮影所にやってきたロケット団。そこにはうまく変身出来ず監督に怒られスランプに陥っているメタモンがいた。撮影所から逃げ出したメタモンはいつの間にかムサシのバックに紛れ込み、ロケット団のアジトへ。女優としてメタモンを鍛えなおすと宣言するムサシ。その頃、サトシとゴウはいなくなったメタモンを探していた！
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第20話 夢へ向かってゴー！サトシとゴウ！！
サクラギ研究所で開催される『ポケモンオリエンテーリング』でリーダー役をつとめることになったサトシとゴウ。参加者の子どもたちと一緒に、ポケモンバトルや、ポケモンゲットの楽しさに触れた二人は、改めてそれぞれの見果てぬ『夢』を再確認する。そこにまさかのルギアが現れて・・・！？
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第21話 とどけ波導！サトシと不思議なタマゴ！！
まだまだ謎が多いと言われるポケモンのタマゴ。サトシとゴウは、実際にタマゴを見るために探しに行くが、そう簡単には見つからない。そんな中、立ち寄ったポケモンセンターで、長い間かえらない不思議なタマゴと出会う。ジョーイさんからタマゴを預かり、お世話することになったサトシ。タマゴは無事にかえるのか？
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第22話 さよなら、ラビフット！
ホウエン地方のミシロタウンに、1年の中でも限られた期間にしか見られないという『アゲハントの渡り』を調査しにやって来たサトシとゴウ。調査の途中、ゴウはケムッソをゲットしようとラビフットに声をかけるが、ラビフットは無関心。そんなラビフットにショックを受けるゴウ。その晩、宿泊先のポケモンセンターを抜け出すラビフット。一体どこへ…？
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第23話 大パニック！サクラギパーク！！
何やら騒がしいサクラギパーク。あげたはずの食べ物がいつの間にかなくなり、お腹を空かせたポケモンたちがケンカを始める！サトシとゴウはその犯人を突き止めるため、サクラギパークに泊まり込むことに！一層激しくなるポケモンたちのケンカ。そんな中、マユルドたちに進化の兆しが・・・？騒動からマユルドたちを守ろうとするゴルーグの胸の刻印が外れ、暴走、パークは大パニック状態になってしまう！！
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第24話 休め！ロケット団！
ボスであるサカキから、休暇を取るように命令されたロケット団。シンオウ地方のリゾートエリアでのんびりしていると、偶然サトシとゴウが調査にやってきた！ピカチュウゲットのチャンス！と盛り上がるが、ここで仕事をしたら命令違反。もどかしい思いを抱えながら、休暇に徹することに。そんな時、サカキの秘書・マトリ率いるロケット団精鋭部隊が現れ、エリア内のポケモンを根こそぎ奪っていく。ロケット団は身分を隠し、サトシたちに協力することに！
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第25話 命爆発バトルフェス！VSメガルカリオ！！
カロス地方で行われるバトル大会「バトルフェス」に参加することにしたサトシ。この大会は、ポケモンワールドチャンピオンシップスの参加者が多数集まり、順位を上げる絶好の機会だ！順調に勝ち進んだサトシがスーパークラスへのランクアップを賭けて対戦するのは、かつてカロス地方で戦ったジムリーダー・コルニ。コルニのメガルカリオにサトシはどう立ち向かうのか！？
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第26話 はねろ！コイキング／かぶれ！ヤドキング
コイキング・ハイジャンプ大会にエントリーしたゴウ。しかし、ゴウのコイキングは丸々と太っていて、とても優勝できそうにない。そこでゴウは大会の絶対王者・カスキングの筋トレ動画でコイキングと特訓をすることに！／ヤドンの島にやってきたサトシとゴウ。見渡す限り、ヤドンだらけ。さらにヤドキングも現れ、サトシに謎の変化が！！
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第27話 英雄伝説！ダンデ最強バトル！！
ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式戦を観戦するためにガラル地方にやってきたサトシとゴウ。上位8名の属する「マスタークラス」同士のバトルにウキウキの２人。注目の対戦カードは、サトシの目標でもある最強王者・ダンデVSダンデのライバルでガラル地方のドラゴンジムのジムリーダー・キバナ！熱い男たちのバトルが今、はじまる！！
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第28話 めそめそメッソン
引き続きガラル地方に来ているサトシとゴウ。そこで出会ったのは、臆病で泣き虫なポケモン、メッソンだった。おびえて泣いてしまうメッソン。その涙に含まれる成分で、一同は涙が止まらなくなってしまう。さらに、水に触れると姿が消えるメッソンは、自分の涙でも消えてしまうらしく、姿を見失ってしまう。そんな中、ロケット団もガラル地方にやって来て…。
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第29話 パチパチやきもち！ワンパチのきもち
家族で朝ごはんを食べているサクラギ家。いつもと変わらない日常だ。…そんな時、事件が起こる。一家のポケモンであるワンパチが、ケガをした、こばとポケモンのマメパトを発見し、連れて来たのだ。コハルと弟のソウタは、マメパトの看病をするうちに、その可愛さに夢中になる。ワンパチは、それが気に入らない様で…？
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第30話 いやいやピカチュウ、やれやれバリヤード
ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式バトルに勝利し絶好調のリオル。サトシはそんなリオルの特訓に夢中になり、ピカチュウは少し不満顔。その後も全くかまってくれないサトシに、ついにピカチュウの我慢は限界、サクラギ研究所を飛び出してしまう！引き留めようとバリヤードも追いかけるが、ピカチュウの決意は固い。2体の珍道中、その行先は・・・マサラタウン！？
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第31話 ヒンバスのきれいなウロコ
サトシとゴウは、コハルの弟・ソウタから相談を受ける。友達のナミが、自分のポケモンが可愛くないとみんなに言われ、悩んでいるというのだ。そのポケモンとは、世界一みすぼらしいと言われるポケモン・ヒンバスだった。みんなに認めてもらうため、ナミとヒンバスは「みずタイプポケモン仲良しコンテスト」の優勝を目指す。実は、ヒンバスというポケモンにはスゴイ秘密が隠されていた！！
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第32話 セレビィ 時を超えた約束
3年前、家族旅行でジョウト地方のヒワダタウンにやってきたゴウは、幻のポケモン・セレビィを探す少年、トキオと出会った。意気投合した2人は、一緒にセレビィを探すことにするが、そう簡単には見つからず、「明日も一緒に探そう」と約束をして別れる。だが、次の日トキオは待ち合わせの場所に現れなかった・・・。そして現在、再びヒワダタウンを訪れたゴウが出会ったのは・・・！？
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第33話 ポケモン交換しませんか？
クチバシティのポケモンセンターで開催中の「ポケモン交換イベント」にやってきたサトシとゴウ。そこでカイロスを欲しがるトレーナー、自称シンオウのむしポケクイーンこと、コロミと出会う。自分のカイロスを手放せないゴウは、交換する代わりに野生のカイロス探しを手伝うことにする。コロミは特製のあまいミツでカイロスをおびき寄せる作戦に出るが、おびき寄せられたのはカイロスではなく、アイツらで！？
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第34話 孤高の闘士サイトウ！オトスパスの脅威！！
サトシとゴウは、ポケモンワールドチャンピオンシップスの次なる対戦者を求めヤマブキシティの格闘道場を訪れた。道場の主、空手大王に挑もうとするサトシだったが、すでに別の挑戦者とバトル中とのこと。その様子を見に行った２人が目にしたのは、空手大王が敗れる姿だった！挑戦者は、ガラル地方のかくとうタイプのジムリーダー・サイトウと、パートナーのポケモン・オトスパス。サトシはサイトウにバトルを挑む！！
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第35話 ピカチュウ、ゲットだぜ！！
サトシとピカチュウを眺めながら、ふと自分もピカチュウをゲットしたいと思い立つゴウ。サクラギ所長から、とある場所でピカチュウが大量発生しているという情報を聞きつけ、早速向かうことにする。そこで出会ったのは、世話好きのメスのピカチュウをはじめとする、たくさんのピカチュウたち。ピカチュウたちは岩場から「かみなりのいし」を掘り起こし、その力でライチュウに進化しようとしているのだった。そんな中、サトシのピカチュウも進化の光を放ち…！？
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第36話 サトシとゴウ、砂地獄から這い上がれ！
サトシは、サイトウとのバトル以来、公式バトルでの不調が続いていた…。そんな中、ホウエン地方のキンセツシティで奇妙な巨大砂嵐が発生。その砂嵐は、美しい歌声で人々を中へ誘うのだという。未知のポケモンの仕業なのかを確かめるため、サトシとゴウは調査に向かう。砂嵐の謎に挑む２人は、やがて強力なポケモン・フライゴンとバトルすることに。フライゴンのスピードに翻弄されるサトシ。一方、ゴウは驚きの戦法に打って出た！！
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第37話 ただいま、はじめましてアローラ！
サトシとゴウは、“アローラのすがた”のナッシーをゲットするべく、アローラ地方メレメレ島にやってきた！ククイ博士やサトシが以前通っていたポケモンスクールのみんな、ポケモンたちと再会を果たすサトシ。ゴウにとっては全員初対面で、少し緊張気味の様子。ポケモンスクールで２人の歓迎パーティが開かれる中、クラスメイトのカキはゴウに対し「サトシのライバルにふさわしい奴か見極める！」と、ポケモンバトルを挑んでくる。ゴウはその勝負、受けて立つことに！！
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第38話 奇跡の復元、化石のポケモン！
ニビシティの科学博物館で開催中の「大化石ポケモン展」にやってきたサトシとゴウ。スクールの自由研究もかねて、コハルも一緒だ。そこで3人は、状態の良い化石を発掘すればポケモンに復元してもらえるという、ロマンあふれる「化石堀り体験」をすることに。かせきポケモンゲットのため、夢中で探すゴウが発掘したのは、古代ポケモンの遺伝子が閉じ込められているという「ひみつのコハク」だった。一体どんなポケモンが蘇るのか！？
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第39話 サトシ対サイトウ！攻略たこがため！！
サトシは、ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式バトルで完敗した、ガラル地方のジムリーダー・サイトウと再戦するべく、彼女が修行で訪れているジョウト地方タンバジムへやってきた。サイトウは挑戦を受け、ゴウ、そしてタンバジムのジムリーダー・シジマが見守る中、バトルスタート！リベンジに燃えるサトシとリオルは、前回完敗したオトスパスの「たこがため」に対し、とある攻略法を試すのだが・・・。果たして勝負の行方は！？
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第40話 VSサンダー！伝説レイドバトル！！
青い空、白い雲、のいい天気。サクラギ研究所でかき氷を楽しむサトシたちに、突然巨大な雷雲が迫る。強い生体エネルギーが感知され、なんと伝説のポケモン・サンダーが近くに来ている可能性があることがわかる！サクラギ研究所周辺が停電をくり返す中、ゴウの“ひらめき”で向かったとある場所で、サンダーと出くわすことに成功する。早速バトルを挑むが、歯が立たない2人。そこに居合わせた思わぬ「助っ人」と協力して、レイドバトルをすることに！！
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第41話 ピカチュウ アテレコ大作戦！／半分、ヌマクロー。
風邪で寝込んでしまったロケット団のニャース。ムサシとコジロウは、この機会に、ニャースの通訳に頼りきっていた「サトシのピカチュウが何を話しているのか？」を、自分たちも理解できるように特訓することを決意！その方法とは、ピカチュウの隠し撮り映像を見ながらセリフをアテレコすること！？／サトシとゴウは、雨上がりの森で地面に埋まって動けなくなってしまったヌマクローと出会う。何とか助けようとしていると、ルンパッパが現れ！？
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第42話 ソード&シールドⅠ 「まどろみの森
ある日の夜、サトシはダンデにもらったダイマックスバンドが自然に光りだすのを発見する。一方その頃、ガラル地方では、本来は不可能な場所でポケモンがダイマックスする現象が発生していた・・・。ダイマックスの謎を解き明かすべく、サトシとゴウはガラル地方を訪れ、ダイマックス研究の第一人者・マグノリア博士に会いに行くことに。しかしその道中、濃い霧に包まれた森で二人は離れ離れになり、不思議なポケモンたちと遭遇する・・・。
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第43話 ソード&シールドⅡ 「ブラックナイト
ガラル地方で別行動中のサトシとゴウ。サトシはダンデとともに、鉱山で暴れるキョダイマックスしたセキタンザンを止めることに成功、視察に来ていたマクロコスモス社の社長・ローズと出会う。サトシはローズに夕食に誘われ、シュートシティへ向かうことに。一方ゴウは、ガラル地方の英雄伝説の謎を探るソニアと偶然再会し、ブラッシータウンに住むマグノリア博士のもとへ向かう。ソニアの祖母でもある博士から語られたのは、ダイマックスの秘密だった！！
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第44話 ソード&シールドⅢ 「ムゲンダイナ
英雄伝説の謎を解き明かそうとラテラルタウンの遺跡へと向かったゴウとソニアは、怪しげな男たちに襲撃される。ダイマックスバトルを繰り広げる中、その衝撃で崩れた壁画の奥に、とあるポケモンの石像を発見する。ゴウはサトシに電話し、英雄伝説の新事実を話すが、その途中、ナックルシティから大きな衝撃と赤い光が発生！ローズが復活させようと暗躍していた伝説のポケモン・ムゲンダイナが、格納庫を破って外へ飛び出したのだった！！
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第45話 ソード&シールドⅣ 「最強の剣と盾
伝説のポケモン・ムゲンダイナのもとへと向かうサトシとゴウだったが、サトシはローズに、ゴウは秘書のオリーヴに行く手を阻まれ、バトルに突入する。ピンチに陥ったその時、サトシのリオル、ゴウのラビフットに変化が起こり・・・！？一方、一足早くムゲンダイナと対峙したダンデは、激しいバトルを繰り広げていた。やがて最終形態へパワーアップを果たすムゲンダイナ。絶体絶命のサトシとゴウのもとに、あのポケモンたちが現れる！！
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第46話 バトル&ゲット！ミュウツーの復活
絶海の孤島・セロアイランドで、ミュウのものと思われるサイコエネルギーが確認された！サトシとゴウは期待に胸を膨らませ、調査に向かう。ミュウを求め、ポケモンたちと協力しながら過酷な島を進んでいく2人。冒険の果てに出会ったのはミュウ・・・ではなく、ミュウツーだった！サトシとゴウの「夢」をかけたバトルがはじまる！！
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第47話 ポケモンチャンピオン！大食い王決定戦！！
クチバシティの「ポケモン大食い大会」に出場することになったゴウとホシガリス。前回優勝のカビゴンや、世界を股にかける大食い界のレジェンド・バシャーモなど強敵が集う中、ゴウは驚きの作戦で優勝を目指す！しかし、運営スタッフとして紛れ込んでいたロケット団が何やら悪だくみをしていて・・・！？
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第48話 ほぼほぼピカチュウ危機一髪！
イッシュ地方・ヒウンシティにやって来たサトシとゴウ。ピカチュウをゲットするために、こっそり先回りしていたロケット団は、ピカチュウにそっくりな秘蔵メカ「ほぼほぼピカチュウ」を使い、ピカチュウとのすり替えを目論む。その現場を目撃したエースバーンとルカリオ。ロケット団を追いかけ、2匹の珍道中が始まって・・・！？
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第49話 コハルと不思議な不思議なイーブイ！
クチバシティにある『イーブイ進化研究所』は、イーブイと、その進化形に特化した研究機関だ。そこにはシャワーズ、サンダース、ブースターなど8種の進化形とともに、ある「特別なイーブイ」が暮らしていた。そんなイーブイが、偶然コハルのワンパチと出会い、研究所から迷い出てしまう。たどり着いた先は、なんとコハルの通うスクールだった！
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第50話 ガラルの化石！がっちゃんこ！！
以前出会った科学博物館の館長の依頼で、ガラル地方の珍しい化石の調査にやってきたサトシ、ゴウ、そしてコハル。ワイルドエリアで出会ったのは、発掘調査をしている研究員、“うかつ”なウカッツと、“がさつ”なガサッツの2人。協力して掘り出した様々な化石を組み合わせて、復元装置にかける一同。復元されるのは一体どんなポケモンなのか・・・？
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第51話 カモネギ大いなる試練！
ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け気合十分のサトシとカモネギは、イシツブテが大量発生しているイワヤマトンネルへ特訓に向かう。そこで偶然出会ったトレーナーのゲンバ＆パートナーのドテッコツと公式戦を行うことになった。ネギと鉄骨が火花を散らす超パワー勝負の行方は？そしてカモネギに立ちはだかる試練とは…！？
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第52話 農業体験！ディグダはどこだ！？
サクラギ研究所宛に大量の野菜と手紙が届いた。サクラギ博士の教え子で、今は農業をしているエンドウから送られたものだ。手紙によると、近頃急にディグダとダグトリオがエンドウの畑を荒らしはじめたので、とても困っているのだという。ディグダたちがなぜそんなことをするのか？サトシとゴウ、そしてコハルはエンドウの畑に調査へ行くことに！！
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第53話 伝説ゲット！？水の守護神スイクンを探せ！！
世界中を巡り、汚れた水を清めているといわれる伝説のポケモン・スイクン。そのスイクンが、とある湖に留まっているとの情報が入る。伝説のポケモンをゲットするチャンスに、俄然気合いが入るゴウ。早速湖に向かったサトシとゴウが目にしたのは、悪のポケモンハンター集団と、傷つきながらも湖と野生のポケモンたちを守ろうとするスイクンの姿だった！
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第54話 メッソン・イン・ポッシブル！
相変わらず臆病なゴウのメッソン。ゴウやサトシとともに訪れた人気映画の撮影現場で、スパイを演じるインテレオンと出会う。突如撮影現場に乱入してきたロケット団を、映画さながらの華麗さで撃退するインテレオン。メッソンは、自身の最終進化形でもあるその姿に強い憧れを持つ。そんな中、ポケモン誘拐事件が発生。メッソンが小さな勇気を振り絞る！
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第55話 君とルミナスメイズの森の物語
サクラギ研究所で「君とルミナスメイズの森の物語」という本を見つけたコハルとイーブイ。そこにはガラル地方のポニータとギャロップが描かれていた。2匹の事が気になったコハルは、サトシとゴウと一緒にガラル地方のルミナスメイズの森に行くことに。森の中を探索していると、コハルとイーブイの前にポニータが現れて・・・！？
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第56話 四天王ガンピ！騎士道の館！！
カモネギの特訓を行っていたサトシに、レンジからとある情報が。なんでもカロス地方の四天王ガンピが、真の強さを求めるポケモンとトレーナーに向けて熱血指導をしているという。そこで、サトシはカモネギと、ゴウはストライクとともにカロス地方・騎士道の館へと向かう。果たしてサトシとゴウを待ち受ける四天王ガンピの熱血指導とは…！？
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第57話 恋はコダック
ひょんなことからサクラギ研究所の助手・キクナの家に泊まることになったコハルとイーブイ。お惣菜やケーキを買って、女子会は大盛り上がり。そんな中、コハルはキクナの家で1枚の写真を見つける。
そこにはキクナと青年、マフラーを巻いたコダックが写っていた。どうやらキクナはこの青年とコダックに特別な思いがあるようで…！？コハルがキクナの恋のために奔走する！
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第58話 パニック！ゴクリン球！！／カモンカムカメカメレース！
「パニック！ゴクリン球！！」
遊び疲れて眠ってしまったロケット団。そこへペリッパ―がやってきて、ロケットガチャットを回すと次々と出てくるゴクリン！ゴクリンの特性“ねんちゃく”でサトシとゴウ、街中のポケモンがくっついて大パニック！？「カモンカムカメカメレース！」
目が覚めたニャースとソーナンスの前に、何やら不穏な雰囲気のカムカメとナエトルが。ちょっと見た目が似ている2匹の熱いレースが今、はじまる！
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第59話 迷子のサルノリ！トレーナーは誰だ！？
“ゴリランダーになった両親から弟のサルノリを託される”という夢を見たゴウ。目覚めると、なんと夢と同じようにサルノリがゴウの腕の中で眠っていた！どうやらサルノリは既に誰かにゲットされているようで、サトシとゴウはサルノリのパートナーを探すことに。ワンパチの嗅覚を頼りにサルノリの痕跡を辿ると、衝撃の事実が発覚して・・・！？
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第60話 めざせネギマスター！つらぬけ騎士道！！
特訓で疲れたカモネギ（ガラルの姿）とハッサムを回復させるため、ポケモンセンターを訪れたサトシとゴウ。するとサトシのスマホロトムに『ポケモンワールドチャンピオンシップス』公式戦の案内が。なんと相手は、サトシがかつて敗れたリントだった！サトシとカモネギはリベンジを果たせるのか！？騎士のプライドをかけた戦いが今、はじまる！
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第61話 まるっとおまかせ！プラスルマイナン便利屋さん！！
サクラギ研究所の水道修理に来た”プラマイ便利屋”の兄妹、ディバイとマルプリ。2人は看板ポケモンのプラスルとマイナンの応援もあり、まるっと解決！…かと思いきや、マリプリが原因でディバイが怪我を負ってしまい、サトシとゴウはディバイの代わりに便利屋を手伝うことに。一方、マイナンはディバイに怪我をさせたマリプリに怒っているようで・・・？
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第62話 じめじめジメレオン
インテレオンに憧れて、ヒット＆アウェイの特訓をしているゴウのメッソン。人知れずナゾノクサのピンチを救い、なんとジメレオンに進化した！しかし、インテレオンに進化できたと思い込んでいたため、水面に写るジメレオンになった自分の姿を見てがっかりしてしまう。ジメレオンは洞窟に引きこもり、ゴウともすれ違うようになってしまって・・・？
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第63話 挑戦！ポケモンマリンアスレチック！！
海を舞台に繰り広げられるポケモンたちの障害物レース「ポケモンマリンアスレチックレース」の中継を見ているサトシとゴウ。レースで優勝したシャワーズのパートナーであるカイリは、サクラギ研究所の助手・キクナの友人だった！シャワーズに魅了されたイーブイを見たコハルは、憧れのシャワーズに会うため、サトシとゴウと一緒にカイリを訪ねることに！
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第64話 嫌われたアブソル
サトシとゴウの元へ、以前サトシとバトルをしたホウエン地方のホウジから調査の依頼が。なんでも、ホウジのおじさんがやっている温泉宿のお湯が出なくなってしまったらしい。町の人たちは、わざわいポケモン・アブソルが原因だと思っているが、本当にアブソルが原因なのか・・・！？サトシたちは本当の原因を突き止めるため、ホウエン地方へ向かう！
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第65話 ドラゴンバトル！サトシVSアイリス！！
サトシの元へ届いた1通の手紙。それは、ドラゴンマスターを目指すアイリスからのバトルの誘いだった！早速、イッシュ地方・ソウリュウジムにやってきたサトシたち。ドラゴンタイプのポケモンの気持ちがわかるアイリスは、サトシのカイリューの気持ちを察知して・・・？サトシVSアイリス、『ポケモンワールドチャンピオンシップス』ハイパークラスへの昇格をかけた熱いバトルがはじまる！
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第66話 フラベベの白い花
ある日、ゴウのフラべべたちが一斉にフラエッテへと進化した！…と思いきや、5匹いるはずのフラベベのうち、白いフラベベだけがいないことに気がついたゴウ。辺りを探すと、乗っていた花弁が欠け、飛べなくなった白いフラベベがいた。ゴウたちは落ち込む白いフラベベの新しい花を探すため、かつてフラベベをゲットしたカロス地方へ旅立つことに！
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第67話 容疑者ピカチュウ！？
サクラギ研究所にジュンサーとデッカー刑事が訪ねてきた。なんでも、クチバシティの住宅から大量の電気が盗まれる事件が連続発生していて、その犯人を探すために、研究所にいるでんきタイプのポケモンたちを確認したいという。ワンパチをはじめとするでんきタイプのポケモンたちに容疑がかけられる中、サトシのピカチュウが犯人として逮捕されてしまい…！？
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第68話 ゴウにライバル！？ミュウへの道！！
久しぶりにマサラタウンのオーキド研究所を訪れたサトシとゴウ。ゴウはオーキド博士から、本格的にミュウを探索するチーム、”プロジェクト・ミュウ”がメンバーを募集していることを聞かされる。一方、サトシは研究所に預けていたゴウカザルが最近姿を見せないと知り、ゴウと一緒に探しに行くことに。その途中、出会ったのはなんとサトシの幼馴染でライバルのシゲルだった！
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第69話 はじめてのおつかい見守りたいっ！
ポケモンセンターにやってきたサトシ・ゴウ・コハルの3人。やんちゃなサルノリとイーブイに3人はハラハラしっぱなし！ゴウはサルノリ、コハルはイーブイのことを「本当は良い子なのに！」と悔しそうに話し、そんな2人を見てサトシは、2匹におつかいを頼もうと提案する。はじめてのおつかいはうまくいくのか…！？
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第70話 おねがい！モルペコゲットして！！
ロケット団のアジトに居ついているモルペコ。相変わらず食いしん坊で、ムサシがとっておいたケーキやコジロウが金庫に隠したはずの食料まで食べつくしてしまう。最近食べる量も増えていて、このままでは「ロケット団の使命を果たせない！」と考え始めたロケット団はモルペコを野生にかえす決心をするが…！？
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第71話 レッツゴー！プロジェクト・ミュウ！！
ある日、ゴウのもとに”プロジェクト・ミュウ”からシンオウ地方・テンガンザンの麓の研究所へ来てほしいとメールが届く。早速サトシと向かうと、ついにゴウの初ミッションが告げられる。それは「テンガンザンの北に広がる氷河地帯でアローラキュウコンをゲットする」というもの。果たしてゴウはミッションをクリアできるのか！？
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第72話 地下迷宮シャッフルパニック！？
ギアルの新しい進化形が発見されたとの情報を得て、イッシュ地方・ホドモエシティにやってきたサトシ・ゴウ・コハルの3人。そこで地中に続く穴を発見し、サルノリとイーブイは興味津々に飛び込んでしまう。サトシたちも後を追うと、中はまるで迷路のようになっていた！サトシのピカチュウを追っていたロケット団も穴に飛び込み、一同遭遇の大混乱！？
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第73話 ピカチュウ隊長！進めタイレーツ！！
タイレーツを調査しにガラル地方を訪れたサトシとゴウ。そこには、息が合っていないタイレーツが。ひょんなことからそのタイレーツはバラバラになってしまい、ゴウはリーダーであるヘイチョーを助け、サトシは他のヘイたちを助けることに。どうやらヘイチョーはうまく指揮できないことに落ち込んでいるようで・・・？
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第74話 ダークライ 真夏の夜の夢
シンオウ地方で人々が悪夢のせいで眠れない事件が続いていると知り、調査にやってきたサトシとゴウ。果たして原因は、悪夢を見せる能力があるダークライなのか…？一方、シンオウ地方に一人旅にやってきたコハルが出会ったのは、なんとサトシのかつての仲間、ヒカリとポッチャマだった！
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第75話 クレセリア 真夏の夜の光
ヒカリとシンオウ地方を旅しているコハル。とある森に入ると、なんと傷だらけのクレセリアが！何とかクレセリアの手当てをし、眠りについた2人はダークライとクレセリアが出会う不思議な夢を見る。夢から覚め、クレセリアと過ごしていると、そこにダークライが現れて一触即発の事態に！？一方、サトシとゴウもダークライを追って森へやってきて…
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第76話 ゼンリョク！アローラ無人島レース！！
アローラ地方で、ポケモンをゲットしながらゴールを目指す「ポケモンゲット・アドベンチャーレース」が開催されると知り、参加することにしたサトシとゴウ。レースにはサトシに憧れていて、Zワザを使えるというゼンリョク兄弟も参加！しかし、彼らのZワザにサトシは思うことがあるようで・・・？
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第77話 超電磁ハイパークラスバトル！
『ポケモンワールドチャンピオンシップス』ハイパークラスにクラスアップしたサトシ。ハイパークラスでの初戦の相手はシンオウ地方・ナギサシティのジムリーダー、デンジだった！かつて激闘を繰り広げ、強力なでんきタイプの使い手であるデンジに対し、サトシはZリングを手に勝負を挑む！
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第78話 狙われたサクラギ研究所！
ゴウとサトシがリサーチフェローとして今まで集めたポケモンのデータが研究所のパソコンから消えてしまった！何者かがメインデータにアクセスした痕跡から、犯人を捜そうとするゴウ。一方その夜、外でみずでっぽうの練習をしていたジメレオンは研究所の中に浮かぶ怪しい物体を発見して…！？
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第79話 月と太陽、コハルとハルヒ
エーフィとブラッキーに会うため、ジョウト地方にある日蝕城（にっしょくじょう）を訪れたサトシとゴウとコハル。なんとそこにはコハルに瓜二つの少女、ハルヒがいた！ハルヒは日蝕城で行われる「日蝕祭」を安全に執り行うことで新しい城主として認められるというのだ。しかし、皆が祭りの準備を進める中、木の上から城を見つめる怪しい少年の影が…！？
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第80話 トライアルミッション！ウルガモス黄金の鱗粉！！
ゴウの元へ“プロジェクト・ミュウ”から最初のトライアルミッションが届いた！その内容は「ウルガモスの黄金の鱗粉をゲットせよ」というもの。サトシとゴウは以前訪れたイッシュ地方のリゾートデザート・巨神の遺跡を訪ねることに。果たしてゴウは無事ミッションをクリアできるのか！？
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第81話 激突！？青ポケマニア！
青いポケモンマニア、略して「青ポケマニア」のアベルと出会ったサトシとゴウとコハル。カロス地方から青ポケライフを楽しむためにカントー地方にやってきたアベルはゴウがゲットした色違いの青いビリリダマに興味津々！3人を青いポケモンを楽しむ活動、青活の世界へといざなう…！
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第82話 マホイップの甘～いバトル！？
アラベスクタウンのジムリーダー・ポプラからサトシに電話が。なんでも、ダンデやキバナも出場する特別な大会を主催するので、サトシたちにも参加してほしいとのこと。ダンデと再びバトルできると意気込むサトシだったが、大会の内容はまさかのマホイップとチームを組みケーキをデコレーションする「マホイップだらけのデコ大会」で…！？
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第83話 お星さまになったピィ
ジョウト地方で空が突然真っ暗になり、朝が来ない日が続いていると知ったサトシとゴウは、調査に向かうことに！調査中、公園で出会った少女・キララが不思議なポケモンに会ってから夜が続くようになったと聞くが…！？サトシとゴウは、調査のため訪れた遺跡博物館で偶然出会ったシンオウ地方・ポケモンリーグチャンピオンのシロナと共に謎に迫る！
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第84話 ルカリオナイト！メガ島大冒険！！
ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け、ルカリオをメガシンカさせるためコルニの元を訪れたサトシとゴウ。コルニからメガシンカに必要な”キーストーン ”を受け取ったサトシは、メガシンカに必要なメガストーン”ルカリオナイト”をゲットするためメガ島へ！果たしてサトシとルカリオは絆を深め、メガシンカを習得することができるのか！？
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第85話 ライバル決戦！サトシVSサイトウ！！
『ポケモンワールドチャンピオンシップス』で過去2度に渡り激戦を繰り広げたライバル・サイトウとのバトルが決まったサトシ。ゴウと決戦の地、ラテラルスタジアムへ向かうと、そこにはサイトウが！お互いのポケモンを紹介しあい、翌日のバトルに向け気合を入れる2人。メガグローブを装着したサトシとダイマックスバンドを装着したサイトウ、ハイパークラスでのバトルが今始まる！
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第86話 メガシンカVSキョダイマックス
一進一退のバトルを繰り広げるサトシとサイトウ！お互い一歩も譲らない中、残るはサトシのルカリオ、サイトウのカイリキーの1体ずつに。サイトウはカイリキーをキョダイマックスさせ、サトシはメガシンカしたルカリオで立ち向かう！果たして勝利の女神はどちらに微笑むのか！？
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第87話 氷の女王とグレイシア
ゴウとコハルのスクールの発表のため、今日はサトシも一緒に登校することに！すると2人のクラスに、レジーナという少女が「ミーチェ」というパートナーのグレイシアを連れて転校してきた。初めて見るグレイシアに、コハルとイーブイは興味津々の様子。しかし、レジーナを守ろうとするミーチェは警戒心が強く、転校早々スクールの生徒たちにふぶきを放ってしまうのだった…！
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第88話 トライアルミッション！深海潜水調査団！！
ゴウの元に”プロジェクト・ミュウ”からトライアルミッションが届いた！その内容は「野生のキングドラをゲットせよ」というもの。ゴウは野生のシードラの目撃情報を元に、サトシと共にホウエン地方へ！早速海で調査をしていると、ホウエン地方の四天王・ゲンジと遭遇し、共に行動することに。果たしてゴウは無事ミッションをクリアできるのか！？
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第89話 ディアルガ＆パルキア！時空大異変！！
サトシにヒカリから電話が！なんでも、ヒカリの相棒・ポッチャマがさらわれたという。シンオウ地方ではポケモンがさらわれる事件が相次いでいるようで、サトシ、ゴウ、コハルは謎を解くためヒカリの元へ！ヒカリに話を聞くと、自分そっくりの人物が光の穴から現れポッチャマを連れ去ったというが…！？
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第90話 ディアルガ＆パルキア！時空大決戦！！
元の世界とそっくりなもう1つの世界に辿り着いたサトシたち。そこで、もう1人のヒカリに遭遇したゴウとヒカリは、ポケモンが進化前の姿に戻ってしまうと聞き、シンオウ地方で起こっている不思議な現象には時空を司る伝説のポケモン・ディアルガとパルキアが関わっていると予想。果たしてサトシたちはシンオウ地方の危機を救えるのか！？
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第91話 ゴースト列車、出発、だよ…
ラテラルタウンに向かうため、シュートシティ駅にやって来たサトシとゴウ。2人はとある仮面の少年が落とした切符を渡すため、何やら怪しげな”ゴースト列車”に乗車することに…。少年を探し車内を移動する最中、謎の石にぶつかってしまってからサトシの様子が何やらおかしいようで…！？
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第92話 ゲンガー頑張る！キョダイマックスへの道！！
ゲンガーをキョダイマックスさせるため、ラテラルタウンにいるゴーストジムのジムリーダー・オニオンの元を訪れたサトシとゴウ。サトシのゲンガーをキョダイマックスさせるためには、ダイキノコで作ったダイスープを飲ませる必要があるという。個性的なゴーストタイプのポケモンがたくさん住む森から無事ダイキノコを集め、ゲンガーはキョダイマックスすることができるのか！？
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第93話 君の名はフランソワーズ
サクラギ研究所の助手・レンジのポケモン、コイルのフランソワーズは、食へのこだわりが強く、レトロなものからしか電気を吸わない。その様子を見て、フランソワーズと出会ったばかりの頃を思い出すレンジ。一方その頃、クチバシティでは、コイルたちが狂暴化する事件が発生！フランソワーズにも危機が迫る！サトシ、ゴウはレンジと共にフランソワーズを守れるのか！？
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第94話 ヘラクロスロス、恋するカイロス
サクラギパークの新入りドレディアにメロメロなヘラクロス。ヘラクロスのことが好きなカイロスは落ち込んでしまう。自分にもきれいな花がついていたなら…。サトシとゴウはカイロスを元気づけるため、コハルと一緒にタマムシシティのジムリーダー・エリカが開催する「ポケモン生け花教室」に連れていくことに！カイロスはヘラクロスを振り向かせることができるのか！？
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第95話 サラバ！さすらいのロケット団！
活動資金のためにバイトバイトの毎日、さらには任務も失敗続きの日々に嫌気がさしたロケット団。任務失敗は、ロケットガチャットから強いポケモンが出ないせいだと、ロケットガチャットの担当に文句を言うため、ペリッパーの後を追うことに。しかしその道中、昔の団員であるヤマトとコサブロウに出会い、「ロケット団だけが人生じゃない」と考えはじめ…！？ロケット団の運命やいかに！？
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第96話 宇宙にとどけ！デンリュウの光！！
マーマネに呼ばれ、ホウエン地方・トクサネ宇宙センターにやってきたサトシとゴウ。マーマネは小惑星探査機「ファイアロー2」の帰還プロジェクトにデンリュウと共に参加していて、デンリュウの光を目印に探査機は帰ってくるのだという。しかし、デンリュウは点灯に失敗してしまい、ショックで自信を無くしてしまった…。果たしてマーマネとデンリュウは無事プロジェクトを成功させられるのか！？
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第97話 ヤドキング！カレーなる遭遇！！
ヤドン達が住む「ヤドンの島」を再び訪れたサトシとゴウ。その島に「ガラルヤドンが住む浮島」が衝突し、ガラルヤドキング率いるガラルヤドンの群れが上陸！ガラルヤドン達がヤドン達と仲良くなるための手助けをすることにしたサトシとゴウだったが、再び二人に謎の変化が起こり…！？
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第98話 ポケモンサーカス！ブースターとサンダース！！
ポケモンサーカスにやってきたサトシ、ゴウ、コハル。サーカスの団員で、ほのおタイプのポケモンが大好きなカレンと、でんきタイプのポケモンを愛するビリーに出会う。二人は、自分のイーブイをそれぞれブースターとサンダースに進化させてパフォーマンスに臨もうとするが、間違って逆に進化させてしまい…。サーカス開演まで時間はあとわずか。パフォーマンスを成功させることはできるのか！？
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第99話 スパイクタウンのマリィ！
ポケモンワールドチャンピオンシップスで、ガラル地方のマリィと対戦することになったサトシ。しかし、マリィを不戦勝させようとするエール団から会場の嘘情報を伝えられ、スパイクタウンに来てしまう。そこで出会ったのは、マリィの兄でスパイクタウン・ジムリーダーのネズ！ネズのバイクで本当の会場であるシュートシティに向かう途中、ネズからマリィのチャンピオンシップスへの想いを聞いたサトシ。激闘のハイパークラス戦が今、はじまる！
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第100話 密着！ダンデのスペシャルトレーニング！！
ゴウと一緒にガラル地方でポケモン探索をする予定だったサトシだが、ひょんなことからダンデと一緒にトレーニングをすることに！トレーニングといいつつ、ポケモン達と触れ合い、遊ぶダンデに驚きつつ、親近感が沸くサトシ。一方ゴウは、ポケモン探索中にソニアと出会い、無敵のチャンピオン・ダンデの意外な一面を聞くことに！？
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第101話 スティック一本、バチンキー！
ガラル地方のワイルドエリアにやってきたサトシとゴウは、1匹のバチンキーに出会う。自分の進化形であるバチンキーに憧れを抱くゴウのサルノリ。しかし、このバチンキーは、本来2本あるはずのスティックを、なぜか1本しか持っていないようで…？そんな訳ありのバチンキーを前に、サトシとゴウ、そしてサルノリはいったいどうする！？
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第102話 トライアルミッション！氷結のレイドバトル！！
プロジェクト・ミュウの、次のトライアルミッションは「フリーザーとのレイドバトル」！ゴウは、サトシと共に、フリーザーがいると言われるふたご島に向かう。フリーザーを探す道中、ゴウの友達でセレビィを目標にする少年・トキオ、そして、サトシの幼馴染・シゲルと再会！ゴウと同じく、プロジェクト・ミュウのメンバー合格を目指すライバル2人と共に、伝説のポケモン・フリーザーとのレイドバトルに挑む！
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第103話 サトシとシトロン！友情大特訓！！
『ポケモンワールドチャンピオンシップス』の次の対戦相手は、ハイパークラス12位のカロス四天王・ドラセナ！試合会場となるミアレシティを訪れたサトシは、かつて共に旅をしたシトロンとユリーカと再会。シトロンとポケモンバトルの特訓をするが…！？
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第104話 ハイパークラス！VS四天王ドラセナ！！
カロス四天王・ドラセナとのバトルが幕を開ける！ドラゴンタイプ使いのドラセナに対し、サトシが繰り出すのはネギガナイトとウオノラゴン！強敵相手に、活路を見出せ！！
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第105話 イーブイとニンフィア！出会いと再会！！
ホウエン地方・ミナモシティのコンテストで注目を集めるニンフィアがいると聞いたコハル。イーブイと一緒に、ミナモシティに向かうが、ひょんなことからコハルとイーブイもコンテストに参加することに…！一方サトシとゴウも、コハルと落ち合うためにコンテスト会場に向かうが、そこにジムリーダー・ミクリが現れて…！？
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第106話 新番組！ロケット団ないしょ王国ラジオ！！
ロケット団の団員を世界中に増やせ―。ボス・サカキの命令を受け、団員募集のためにラジオ番組を始めるムサシ、コジロウ、ニャース、ソーナンス。「ロケット団の素晴らしさを世界中に伝えて、団員ゲットだぜ！」と意気込むが、視聴者はまさかのゼロ…。このままじゃ終われない！当初の目的も忘れ、面白いラジオ作りに熱中していくロケット団だが…！？
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第107話 助けて、ワンパチのアニキ！
ワンパチは、サクラギパークのポケモン達の頼れる兄貴分！パーク内で起こるトラブルを、華麗に解決していくが、パークの川の水が汚れていることを発見！水辺で暮らすポケモン達のために、サトシ、ゴウ、コハルと共に、原因を突き止めようとする。ワンパチはサクラギパークの平和を守ることができるのか！？
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第108話 ルカリオとゲッコウガ！運命の波導！！
マスターズエイト入りに向け、パワーアップのために、かつてカロス地方を共に旅したゲッコウガに会いに行くことにしたサトシとルカリオ。ゲッコウガにバトルを挑むルカリオだったが、全く歯が立たない…！そんなルカリオに、ゲッコウガが伝えようとする事とは…？ルカリオとゲッコウガ、２つの波導が今重なる―――！
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第109話 VSキバナ！マスターズエイトをかけた戦い！！
マスターズエイト入りをかけて、ガラル地方で圧倒的な実力を誇るジムリーダー・キバナとの対戦に臨むサトシ。ドラゴンストームの異名を持つキバナの、天候を巧みに操るバトルスタイルに追い詰められていく！キバナにとっても打倒ダンデのため、絶対に譲れない一戦。ダンデが見守る中、サトシとキバナの意地と意地がぶつかり合う！！
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第110話 裏切りのバトルロイヤル！
「プロジェクト・ミュウ」の新たなミッションのため、ホウエン地方・シーキンセツにやってきたゴウとサトシ。今回のミッションはサバイバル！施設内の他のチャレンジャーとバトルをし、最後に残った者だけが勝者となる―。インテレオンと共に挑戦するゴウは、友達のトキオと再会するが…。策略と裏切りが渦巻くバトルロイヤル、勝ち残るのは誰だ！？
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第111話 モーンとリーリエ、雪原の再会
ガラル地方・カンムリ雪原で「不思議なポケモンを見た」との情報が入った。サトシ・ゴウ・コハルは、調査のためにカンムリ雪原へと向かう。時同じくして、サトシがアローラ地方で友達になったリーリエも、兄のグラジオ・母のルザミーネと一緒に、行方不明になった父・モーンを探してカンムリ雪原を訪れようとしていた…！
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第112話 凱旋！アローラチャンピオン！！
アローラ地方にやってきたサトシ・ゴウ・コハル。サトシはポケモンスクールの仲間たちと久しぶりの再会を果たす。そして、四組の選手が同時にぶつかるバトルロイヤルに参加することに！アローラリーグ初代チャンピオン・サトシの凱旋試合とあって会場は超満員！ククイ博士をはじめとする強敵たちとのバトルを勝ち抜けるのか！？
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第113話 ラストミッション！レジエレキ・レジドラゴをゲットせよ！！
レジエレキ・レジドラゴをゲットせよ―。「プロジェクト・ミュウ」最後のトライアルミッションが届いたゴウは、一人でカンムリせつげん・定めの遺跡に向かう。そこにはライバルのシゲルもやってきていた。ゴウはミッションをクリアできるのか！？そして、ミュウ探索の正式メンバーに選ばれるのは一体…。夢を掴むため、最後の挑戦が始まる―！！
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第114話 炎の特訓バトル！サトシ対シンジ！！
マスターズトーナメントに向けた特訓中、オーキド研究所に呼ばれたサトシとゴウ。研究所にいるサトシのポケモン達にエールをもらい、俄然気合の入る、ピカチュウ、ルカリオ、ゲンガー、カイリュー、ネギガナイト、ウオノラゴン。そして、なんと研究所にはサトシがシンオウ地方を旅していた頃のライバル、シンジの姿も！シンジとの再会で、サトシが得たものとは！？
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第115話 開幕！マスターズトーナメント！！
ポケモンバトルの頂点を決める戦い、マスターズトーナメントがいよいよ開幕！サトシは決戦の地となるガラル地方・シュートスタジアムにやってきた。ダンデとのバトルを目指すサトシは、トーナメントを勝ち上がることはできるのか！？史上最大の挑戦が、今始まる―！！そして１回戦第1試合、ダンデVSアランのバトル、スタート！
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第116話 チャンピオンの誇り！ワタルVSカルネ！！
マスターズトーナメント１回戦の第２試合は、カントー・ジョウト新チャンピオンのワタルと、カロスチャンピオンのカルネ！実力が拮抗した両チャンピオンのバトルは、一進一退の大激戦に！！共に譲れぬチャンピオンの誇り―。鍛え上げられた力とわざの応酬を制するのは、果たして…！？
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第117話 VSシロナ！アイリス、ドラゴンマスターへの道！！
マスターズトーナメント1回戦の第3試合は、シンオウチャンピオン・シロナVSイッシュチャンピオン・アイリス！アイリスにとって、シロナはかつて教えを受けた尊敬すべき先輩であり、超えるべき目標の一人。攻め立てるアイリスだが、シロナは冷戦沈着で…。勢いVS経験―。セミファイナルに進めるのはどちらか一人！！
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第118話 サトシ出陣！VSダイゴ！！
マスターズトーナメント１回戦の第４試合。いよいよサトシのバトルが始まる！対戦相手はホウエンチャンピオン・ダイゴ。サトシは、ダイゴが繰り出す強力なポケモンたちを相手に、追い込まれ…。自分を応援してくれた仲間たち、ポケモンたちのためにも勝利を―！立ちはだかるダイゴを破り、初戦を突破できるのか！？
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第119話 コハルとイーブイ しんかのきせき
サクラギ研究所の七不思議を解明するため、バリヤードが『バリちゃんねる』を立ち上げた！今回解明するのは、進化しないコハルのイーブイ！？果たして不思議なイーブイの謎は解明できるのか！
他、ラジオ番組「あんたがスピードスターラジオ」では、みんなのお悩み大募集！？
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第120話 コハルとイーブイ、可能性は無限大！
様々な進化形との出会いを経験したコハルとイーブイ。イーブイが何に進化したいのか、ポケモンの進化とは…？コハルは思い悩んでしまう。そんなコハルを見て、サクラギ博士はコハルをキャンプに誘う。そこで、父・サクラギ博士の幼少期のポケモンとの出会い、別れ、進化の話を聞くことに…。可能性は無限大。コハルが、イーブイが、選ぶ未来はいったい―。
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第121話 最高潮（クライマックス）始動！サトシのマスターズトーナメント！！
間もなくポケモンワールドチャンピオンシップス・セミファイナルがスタート！
セミファイナル前に、PWCSニュースがどこよりも早く徹底的にマスターズトーナメントを大解剖！
選手の分析やマル秘情報まで盛りだくさんでお届け！
ラジオ番組「キミのこころにドラゴンダイブ」では、みんなのお便りを紹介！
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第122話 セミファイナルⅠ 「圧勝」
マスターズトーナメント・セミファイナル当日。試合を控えたサトシは、ポケモンたちとの特訓中に対戦相手のシンオウチャンピオン・シロナと出会う。同じく試合前の最終調整をしていたシロナから、相棒・ガブリアスとの出会いを聞くサトシ。一方、シュートスタジアムでは第一試合のダンデVSカルネのバトルが始まろうとしていた…。激闘のセミファイナルが、今、幕を開ける―！！
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第123話 セミファイナルⅡ 「幻惑」
マスターズトーナメント・セミファイナル第二試合。サトシはファイナル進出をかけ、シロナとの対戦に挑むが、巧みな戦略に翻弄され、序盤から大ピンチ！悪い流れを断ち切り、チャンスに繋げたいが…。シンオウチャンピオン・シロナと強力なポケモンたちが、サトシの前に立ちふさがる！！
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第124話 セミファイナルⅢ 「武勇」
マスターズトーナメント・セミファイナル第二試合。まさかのピカチュウダウンで、シンオウチャンピオン・シロナに大苦戦のサトシ。シロナの経験・戦略の前にじりじりと追い詰められていく…。圧倒的ピンチを前に、ウオノラゴンとネギガナイトで突破口を切り開こうとするが―！！そして、サトシに牙を剥く、シロナの切り札とは一体！？
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第125話 セミファイナルⅣ 「衝撃」
マスターズトーナメント・セミファイナル第二試合も、いよいよクライマックス！サトシのポケモンは、ルカリオ1体を残すのみ…。絶体絶命の状況でも諦めないサトシの想いに呼応したルカリオが見せる凄まじい波導の力。それを正面からねじ伏せようとするシロナ。 熱戦を制し、ファイナルへの切符を手に入れるのは、果たして―！？
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第126話 GO FOR DREAM！ ゴウ、夢（ミュウ）への道！！
ガラル地方・シュートシティ。サトシとゴウが宿泊するホテルの一室で、ゴウのスマホロトムに忍び寄る怪しい影…。スマホロトムに入っているゴウのポケモンたちの情報や、プロジェクト・ミュウの極秘資料が明るみに！？ラジオ番組「放課後ブレイズキック」では、幼馴染特集をお届け！！
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第127話 ゴウとエースバーン！はじまりの場所！！
二人が初めて出会ったガラル地方のスコーン屋を訪れたゴウとエースバーン。エースバーンは、ヒバニーの頃に一緒に過ごしていたクスネたちと再会する。クスネたちは悪さをやめて、すっかり街の人気者になっていた！久しぶりの再会を喜ぶエースバーンたちだが、ニャイキング率いるガラルニャース軍団、そしてロケット団の影が忍び寄り…？
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第128話 最高潮（クライマックス）！ 決戦前夜サトシVSダンデ！！
世界最強を決めるマスターズトーナメント・ファイナル。世界中が待ち望む決戦を、PWCSニュースがどこよりも詳しく大特集！サトシとダンデのバトルの見どころはもちろん、2人の出会いにも迫る徹底取材！そして、番組独自で入手したマル秘情報も、世界最速でお届け！？
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第129話 ファイナルⅠ 「激流」
いよいよマスターズトーナメント・ファイナルが始まる。ずっと目標の存在だったダンデとの公式戦に意気込むサトシ。絶対王者ダンデと、下馬評を覆し勝ち上がってきたサトシの対戦に観客の熱気は最高潮！そんな中、ダンデからある提案があり…。かつての仲間・ライバルたちも見守る中、頂上決戦の火蓋が切られる―！！
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第130話 ファイナルⅡ 「翻弄」
マスターズトーナメント・ファイナル、サトシVSダンデ。序盤から一進一退の攻防を繰り広げる両者だったが、ダンデのポケモンや戦略に、サトシは徐々に翻弄されていき…！？ポケモンを交代しながらダンデに喰らいつくサトシだったが、それすらも、ダンデの作戦の内だった…！？
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第131話 ファイナルⅢ 「最強」
ダンデとのマスターズトーナメント・ファイナル。サトシのポケモンたちは皆、ボロボロの状態に…。それでも臆することなく向かってくるサトシとポケモンたちの姿に、笑みをこぼすダンデ。「最強の王者」と「最強の挑戦者」―。呼応するようにより強く、より激しくなる、最強を懸けたバトルの行方は―！？
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第132話 ファイナルⅣ 「相棒」
シュートスタジアムに突如現れたムゲンダイナの目的は一体…！？そして、サトシとダンデのバトルもクライマックスへ！ダンデのエース・リザードンに対し、サトシとピカチュウは最後の力を振り絞り立ち向かう。これまでの出会いを、バトルを、冒険の全てを―！最高の相棒と共に、サトシは栄冠をつかむことはできるのか―！？
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第133話 プロジェクト・ミュウ
サトシのファイナルと時同じくして、ゴウはミュウ探索のため「さいはてのことう」に向かっていた。島に上陸したゴウ・シゲル・トキオ・ツルギ・アサヒ達だったが、ラボにいるホダカ博士との通信が途絶え、モンスターボールも起動しなくなってしまう…。絶体絶命のピンチの中、ミュウと出会うために探索を続けるゴウ達の運命は…！？
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第134話 つかみとる未来！
ミュウ探索の途中、トラブルで二手に分かれてしまったチェイサー一行。 ゴウ・トキオ・アサヒはカイオーガ、ツルギとシゲルはグラードンにそれぞれ遭遇する！伝説のポケモンが、なぜここに―？更にテーブルマウンテンの奥へと進むゴウ達が、そこで目にしたものとは…。そして、ゴウはミュウにたどり着き、夢を叶えることはできるのか―！？
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第135話 ポケモン！きみにあえてよかった！
それぞれの挑戦を終えて、サクラギパークで再会を果たすサトシとゴウ。コハルを交えてキャンプに出掛けることに！見回す限りポケモンだらけの自然に囲まれて、幼い頃のポケモンとの思い出話に花を咲かせる三人だったが、ゴウにはサトシに言い出せずにいる“とある想い”があって…？
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第136話 サトシとゴウ！あらたなる旅立ち！！
サトシとゴウは、ちょっとした気持ちのすれ違いからギクシャクしてしまう。そんな2人の前に、なんと伝説のポケモン・ルギアが現れた！2人が初めて出会った日にも、姿を見せたルギア。一緒に冒険をし、成長してきたサトシとゴウ。再会したルギアに2人で挑む。ルギア！レイドバトルだ！！
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第137話 ポケットモンスター 遥かなる青い空
ポケモンマスターを目指し、旅を続けるサトシとピカチュウ。母ハナコとトナリタウンで会う約束をするが、その道中でロケット団にピカチュウを攫われてしまう。ピカチュウを探すサトシは、不思議な少年・ハルトと出会う―。これは、サトシとピカチュウの冒険の日々の、とある１つの出会いを描いた物語。
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特別編 ポケットモンスター
サトシとピカチュウの冒険・最終章となる「ポケットモンスター めざせポケモンマスター」が“10まん倍”楽しみになる特別編！
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